In unserer Reihe „Datenbank des Monats“ stellen wir Ihnen regelmäßig Recherche-Tools vor, die Ihr wissenschaftliches Arbeiten unterstützen. In diesem Beitrag geht es um PubMed.
Inhalt
- PubMed auf einen Blick
- Was ist PubMed?
- Was PubMed besonders macht
- Schnelleinstieg: PubMed als Literatursuchmaschine
- Systematische Recherche mit Medical Subject Headings
- Praxistipps
- Fazit
PubMed auf einen Blick
- Was: Freie bibliografische Datenbank für Veröffentlichungen aus den Lebenswissenschaften
- Umfang: 40+ Millionen Werke, davon 10+ Millionen im Volltext (PubMed Central)
- Zugang: Kostenlos, ohne Registrierung
- Betreiber: National Center for Biotechnology Information (NCBI)
- Startseite: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
Was ist PubMed?
PubMed ist eine frei zugängliche Literatursuchmaschine, in der Sie nach wissenschaftlichen Publikationen aus den Gebieten Lebenswissenschaften, Verhaltenswissenschaften und Chemie recherchieren können. Auch wenn der Schwerpunkt auf der Biomedizin liegt, erschließt PubMed in großem Umfang Literatur aus ingenieurwissenschaftlichen Feldern wie Biotechnologie und Medizintechnik.
PubMed durchsucht drei Datenbanken:
- MEDLINE weist Artikel in ausgewählten Zeitschriften nach und ist die mit Abstand größte Komponente.
- PubMed Central ist ein Volltextarchiv für Artikel und Preprints vor allem aus Forschungsprojekten, die vom National Institute of Health gefördert wurden.
- NCBI Bookshelf enthält frei zugängliche Versionen ausgewählter Buchkapitel.
Was PubMed besonders macht
Für MEDLINE werden nur Zeitschriften ausgewertet, die Mindeststandards in den Bereichen Relevanz, wissenschaftliche Qualität, technische Verfügbarkeit und Seriosität des Verlags erfüllen. Dabei kommen Journals in allen Sprachen in Frage, so lange für jeden Artikel englischsprachige Paralleltitel und Zusammenfassungen geliefert werden. Aus multidisziplinären Zeitschriften wie Nature oder Science werden nur Artikel mit Bezug zu den Life Sciences nachgewiesen.
Dieser Fokus auf Qualitätssicherung und Relevanz kann dabei unterstützen, wichtige Literatur schneller zu finden.
In MEDLINE nachgewiesene Artikel werden einem Artikeltyp zugeordnet und mit Begriffen aus dem Thesaurus Medical Subject Headings (MeSH) erschlossen. Über den Artikeltyp kann beispielsweise gezielt nach Systematischen Reviews oder klinischen Studien gesucht werden. Mit Hilfe von MeSH finden Sie auch Publikationen zu einem Thema, die unterschiedliche Begriffe für denselben Sachverhalt verwenden. Auch nachträgliche Korrekturen bereits publizierter Artikel, Angaben zu Interessenkonflikten und pharmakologische Wirkungen werden systematisch erfasst. Darüber hinaus verlinkt MEDLINE oft zusätzliche Datenquellen mit Bezug zu dem jeweiligen Artikel, zum Beispiel Sequenzdaten.
Um eine möglichst präzise Suche zu erlauben, bietet PubMed auch eine forgeschrittene Suche. Dort sind auch Abfragen in einzelnen Feldern (wie etwa Journal, Last Author Name, MeSH Terms, Pharmacological Action, Publication Type) möglich. Fortgeschrittene Suchstrategien wie Abstandssuche sind möglich. Diese Optionen können zu komplexen, reproduzierbaren Abfragen kombiniert werden.
Auf Grund der konsistent hohen Datenqualität und Reproduzierbarkeit eignet sich PubMed besonders für die Recherche im Rahmen strukturierter Literaturübersichten.
Schnelleinstieg: PubMed als Literatursuchmaschine
Geben Sie auf der PubMed -Startseite einen Suchbegriff ein, z.B. „synthetic biology bioreactor“. Bereits beim Tippen erscheinen Vorschläge für potenziell relevante Begriffe. Über die Leiste auf der linken Seite lassen sich die Ergebnisse bequem filtern.
Systematische Recherche mit Medical Subject Headings
Wissenschaftliche Fachsprache ist um Eindeutigkeit bemüht. Trotzdem wird dasselbe Thema oft unter mehreren Begriffen verhandelt. Dies kann Suchergebnisse beeinflussen. Damit Sie nicht nach vielen verschiedenen Kombinationen von Begriffen suchen müssen, können Sie in PubMed die Medical Subject Headings verwenden.
In dem folgenden Beispiel suchen wir Literatur zu Artefakten in dreidimensionalen bildgebenden Verfahren.
- Suchen Sie im MeSH-Browser nach dem MeSH für Ihr Thema suchen.
Zum Beispiel zeigt eine Suche nach „medical imaging“, dass der standardisierte Descriptor „diagnostic imaging“ ist. - Den passenden Descriptor auswählen und überprüfen, ob ein verwandter Begriff (unter „see also“) oder ein Oberbegriff bzw. Unterbegriff (unter „MeSH tree structure“, das „+“-Symbol blättert weitere Ebenen auf) ggf. das besser passende Suchwort wäre.
In unserem Beispiel entscheiden wir uns für „imaging, three dimensional“. - In der fortgeschrittenen Suche „MeSH Terms“ auswählen, Suchbegriff eintragen, über „Show Index“ die richtige Ansetzung auswählen und mit Klick auf „ADD“ dem Query Builder hinzufügen.
In unserem Beispiel sehen wir, dass für den Descriptor „imaging, three dimensional“ über 100.000 Artikel erfasst sind. - Schritte 1-3 für weitere Suchbegriffe wiederholen und die Suchbegriffe mit „AND“ verknüpfen. (Statt „AND“ kann auch ein anderer Bool’scher Operator ausgewählt werden.)
Wir suchen in MeSH nach „artifact“ und stellen fest, dass der korrekte Descriptor „artifacts“ lautet. - Suche mit „Search“ auslösen. Die Ergebnisse können wie bei der einfachen Suche weiter gefiltert werden.
Schritt 1: Suche nach MeSH Terms. Bild nicht unter freier Lizenz. 
Schritt 2: Suche in MeSH Tree Structures. Bild nicht unter freier Lizenz. 
Schritt 3: Auswahl von Begriffen aus dem kontrollierten Vokabular mit Show Index. Bild nicht unter freier Lizenz. 
Schritt 4: Auswahl weiterer Begriffe erzeugt eine komplexe Abfrage in der Query Box. Bild nicht unter freier Lizenz. 
Schritt 5: Trefferliste einer fortgeschrittenen Suche in PubMed. Bild nicht unter freier Lizenz.
Praxistipps
Die hier gezeigte Suche nach MeSH-Terms ist nur ein Beispiel für komplexe, reproduzierbare Recherchen, die mit PubMed möglich sind. Beim Entwickeln von Suchstrategien ist die ausführliche PubMed-Hilfe eine wertvolle Ressource.
Ihre Suchstrategien können Sie auch speichern. Legen Sie dazu einen kostenlosen NCBI-Account an. Zur Authentifizierung können Sie Ihre ORCiD verwenden.
Fazit
PubMed enthält ausgewählte Literatur, beschränkt auf qualitätsgesicherte wissenschaftliche Quellen aus den Life Sciences. Insbesondere in Randgebieten der Life Sciences kann es sein, dass PubMed nur einen Teil der für Ihr Thema relevanten Zeitschriften indexiert.
Daher weist PubMed weniger Publikationen nach als eine Literatursuchmaschine, die auf eine solche Auswahl verzichtet, wie OpenAlex oder Google Scholar. In bibliographischen Datenbanken wie Scopus oder Web of Science, die fachübergreifend ausgewählte Zeitschriften indexieren, liegt die Abdeckung zwischen diesen Extremen.
Im Gegenzug ermöglicht PubMed eine gezieltere Suche: In den meisten Suchmaschinen und Datenbanken wird nur nach den eingegebenen Begriffen gesucht. In PubMed werden über den MeSH-Deskriptor verwandte Begriffe automatisch verknüpft und so findet man auch Artikel, die dasselbe Thema unter einem anderen Begriff verhandeln. Darüber hinaus sind viele weitere komplexe Suchstrategien möglich und Suchergebnisse in PubMed sind reproduzierbar.